O CGE participa em diversas redes com outras unidades de pesquisa nacionais e internacionais:

- Rede AERONET (AErosol RObotic NETwork) da NASA (2003), que agrega actualmente cerca de 300 estações de observação em todo o mundo, duas das quais em Portugal Continental da responsabilidade do CGE (Évora e no Cabo da Roca) visando disponibilizar dados sobre as propriedades ópticas e físicas dos aerossóis relevantes do ponto de vista do Clima;

- Rede EMSC (European-Mediterranean Seismological Center) (EMSC) (2005). O Centro Sismológico Euro-Mediterrâneo foi encarregado, pela Comissão Europeia (CoE), através do seu Acordo Parcial Aberto (OPA) no domínio da prevenção, da protecção contra os riscos naturais e tecnológicos.

- Rede Nacional de Geofísica (2006), que agrega seis unidades de pesquisa nacionais incluindo o CGE e um laboratório do estado, visando a compartilhar dados relevantes obtidos por cada sócio nos campos das Ciências da Terra e da Atmosférica;

- A iniciativa Portuguesa Coordenada na Observação Sísmica de Banda Larga (2007), que junta o “Instituto de Meteorologia” (IM, Lisboa)”, o Centro de Geofísica da Universidade de Lisboa” (CGUL/IDL, Universidade de Lisboa), o “Instituto Geofísico Infante D. Luiz” (IGIDL) e o “Centro de Geofísica de Évora” (CGE, Universidade de Évora)”. Esta rede é destinada a coordenar os seus esforços para uma distribuição e manutenção optimizada das estações, assim como para uma densificação das estações, uma colecção, distribuição e exploração científica dos dados.

- Memorando de entendimento (MoU) para o estabelecimento de uma estrutura da cooperação na Vigilância Sísmica na região Mediterrânica Ocidental (Regional Seismic Network in the Western Mediterranean - RSN-WM) durante 2007, que junta diversos países europeus, mediterrânicos e tem a participação das organizações de sismologia regionais e internacionais: EMSC (European-Mediterranean Seismological Center), ORFEUS (Observatories and Research Facilities for European Seismology), FDSN (Federation of Digital Seismic Networks), a Comissão Intergovernamental Oceanográfica (IOC) e o “Sistema de Alerta ao Tsunami no Norteaste do Atlântico e no Mediterrâneo' (NEAMTWS). O MoU entrou em força no 1 de Outubro de 2006.

- CGE aderiu oficialmente em 2007 e tem já uma cooperação científica efectiva com a Estrutura de Missão para a Extensão da Plataforma Continental (EMEPC, Ministério da Defensa Nacional) a fim de preparar, à luz da convenção das Nações Unidas sobre o Direito do Mar (CNUDM, Convention des Nations Unies sur le Droit de la Mer), uma proposta de extensão da Plataforma Continental de Portugal, para além das 200 milhas náuticas, a ser apresentada à Comissão de Limites da Plataforma Continental de Portugal (CLPC), órgão constituído no âmbito da CNUDM. Esta colaboração permitirá melhorar o conhecimento da transição Continente-Oceano e da litosfera oceânica.

- Projecto do Observatório/Laboratório em Ciências da Terra, Atmosfera e do Clima do Programa Nacional do Re-equipamento para a Universidade de Évora- Rede Nacional de Geofísica (2007), que agrega três unidades de investigação nacionais (FCUL-Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, CEG- Centro de Estudos Geográficos da Universidade de Lisboa e CGE) e um laboratório do estado (IM), liderado pelo CGE sob a estrutura do Programa Nacional do Re-Equipamento, visando compartilhar um sistema LIDAR-RAMAN multi canal;

- Em 2008 está previsto a adesão do CGE à rede RIMA (Rede Ibérica de Medidas de Aerossóis), coordenada por Universidade de Valladolid (Espanha), associada com a rede AERONET onde o CGE aderiu em 2003 com o objectivo de melhor operacionalizar o funcionamento e a disponibilização de dados da rede AERONET para a Península Ibérica.

- EARLINET (2009)

- RECTA (2009)

- Em 2010 está prevista a utilização por parte do CGE em parceria com outras Instituições de Investigação nacionais e europeias da infra-estrutura de investigação COPAL (Community heavy-Payload Long endurance Instrumented Aircraft for Tropospheric Research in Environmental and Geo-Sciences), uma vez que a proposta desta infraestrutura-INFRA-2007- 2.2.1.9  - submetida recentemente ao programa FP7 espera vir a ser aprovada com sucesso pela Comunidade Europeia. Esta infraestrutura observacional aerotransportada que agrega várias Instituições europeias responsáveis pela Investigação em cada um dos países, incluindo a FCT com o apoio científico do CGE, irá proporcionar à comunidade científica Portuguesa novas perspectivas de investigação na área das Ciências da Atmosfera e da Terra.

- SPALINET (2010)

Há também os seguintes protocolos oficiais da colaboração estabelecidos recentemente (2007) entre o CGE e as seguintes instituições:

- IM e Meteo France, para o acesso e a operação dos modelos meteorológicos de mesoscale franceses AROME e MesoNH;

- CERENA (IST), CICEGE (UNL) e GeoBioTec (Univ. Aveiro), para partilhar equipamento multidisciplinar, mobilidade de investigadores e de estudantes e submissão de projectos Internacionais/Europeus.

Consórcios:
- CO2NET (2009)
 

- RISCOS (2010)
 

- ESPAÇO (2010)